Co ciekawe, znacznie zmieniła się struktura substratów, które trafiają do biogazowni rolniczych. Wbrew powszechnej opinii nie króluje tu kiszonka z kukurydzy. Co prawda, w 2011 roku to gnojowica i kiszonka z kukurydzy były głównymi paliwami biogazowni, jednak na przestrzeni lat to się znacznie zmieniło i w 2019 roku najczęściej do produkcji biogazu rolniczego był wykorzystywany wywar pogorzelniany (ponad 812 tys. ton) oraz pozostałości owoców i warzyw (767 tys. ton). Na trzecim miejscu jest gnojowica (733 tys. ton) i dopiero na czwartym znalazła się kiszonka (422 tys. ton).
Wśród coraz częściej wykorzystywanego paliwa do produkcji biogazu i energii z niego znajdują się także odpady z przemysłu mleczarskiego i przetwórstwa spożywczego, przeterminowana żywność oraz obornik i odpady poubojowe. Potwierdza to tezę, że inwestycja w biogazownie zwraca się szybciej, jeśli jako substrat wykorzystywane są odpady lub resztki, w tym te z gospodarstw rolnych.
