YPrzesłanki, które muszą być spełnione, aby można było udzielić pomocy de minimis w rolnictwie w zakresie podatku od czynności cywilnoprawnych, zawarte są w ustawie o podatku od czynności cywilnoprawnych (art. 9). Wielu rolników je spełniło, ale nie mogli skorzystać z tejże pomocy (zwolnienia w podatku) w przypadku zakupu gruntów rolnych z uwagi na przekroczenie limitu krajowego pomocy de minimis w rolnictwie.
Logicznym rozwiązaniem korzystnym dla producentów rolnych, którzy nabyli grunty w 2020 roku, byłaby możliwość ubiegania się o zwrot zapłaconego podatku w 2021 roku, w sytuacji gdy mają jeszcze limit dla gospodarstwa rolnego. Takie rozwiązanie nie funkcjonuje jednak w praktyce i nie jest przewidziane bezpośrednio ani w przepisach unijnych, ani polskich. Urzędy skarbowe powołują się m.in. na art. 3 ust. 7 Rozporządzenia Komisji (UE) Nr 1408/2013 z dnia 18 grudnia 2013 r. w sprawie stosowania art. art. 107 i 108 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej do pomocy de minimis w sektorze rolnym.
Przepis ten wskazuje, że jeżeli z powodu udzielenia nowej pomocy de minimis zostałyby przekroczone pułapy de minimis: górny limit krajowy lub górny limit sektorowy, nowa pomoc nie może być objęta przepisami niniejszego rozporządzenia. Przyjmuje się, że pomoc może być przyznana tylko wtedy, gdy nie przekroczono limitu krajowego. Według rozporządzenia unijnego "pomoc de minimis uznaje się za przyznaną w dniu, w którym przedsiębiorstwo uzyskuje prawo otrzymania takiej pomocy zgodnie z obowiązującym krajowym systemem prawnym, niezależnie od terminu wypłacenia pomocy de minimis temu przedsiębiorstwu".
Druga kwestia jest dyskusyjna. Naczelny Sąd Administracyjny w orzeczeniu z 2 września 2020 r. (sygn. akt: II FSK 1422/18) orzekł, że "nie ma takiego przepisu prawa materialnego, który by zakazywał dokonywania częściowego zwolnienia podatkowego w zakresie podatku od czynności cywilnoprawnych. Skoro bowiem limit pomocy de minimis ma postać maksymalnej kwoty, to dopuszczalne jest również udzielenie tej pomocy poniżej tego limitu (tej kwoty), a tym samym przyznanie zwolnienia do wysokości tego limitu. Zdaniem NSA, w sytuacji gdy kwota podatku przewyższyłaby limit pomocy de minimis wynikający z rozporządzenia Komisji (UE) z dnia 18 grudnia 2013 r., płatnik powinien obliczyć i pobrać podatek jedynie w kwocie nadwyżki nad limitem. Pomoc ta może zatem zostać udzielona do wysokości nieprzekraczającej tego limitu. Podobnie orzekł NSA w wyroku z 21 stycznia 2020 r. (sygn. akt: II FSK 456/18).
Z kolei Wojewódzki Sąd Administracyjny w Opolu w orzeczeniu z 23 maja 2018 r. (sygn. akt: I SA/Op 98/18) doszedł do wniosku, że obowiązujące rozporządzenie Komisji (UE) nr 1408/2013 z dnia 18 grudnia 2013 r. zawiera przepisy niezezwalające na udzielenie pomocy publicznej w przypadku przekroczenia limitów pomocy de minimis, nawet w odniesieniu do części pomocy nieprzekraczającej tych limitów.
Kwestie pomocy de minimis w rolnictwie zawsze warto wyjaśnić w urzędzie skarbowym właściwym według położenia nieruchomości rolnej.
