Przede wszystkim w uprawie ekologicznej nie należy używać chemicznych środków ochrony roślin, a także zakaz stosowania nawozów sztucznych. Preferuje się natomiast nawozy pochodzenia naturalnego, czyli obornik bydlęcy, pomiot kurzy, obornik trzody chlewnej, owczy, koński oraz kompost i to najlepiej wyprodukowany samemu, choć to długi proces. Przed założeniem sadu warto wysiać rośliny przedplonowe tzn. gorczycę, żyto, facelię, łubin i wiele innych na przyoranie. Te nawozy zielone doskonale zastąpią zarówno obornik, jak i kompost, a niektóre z nich jak facelia czy łubin dostarczą również odpowiednią porcję azotu, dzięki brodawkom korzeniowym, które wiążą azot z powietrza.
Nie mniej istotny
jest dobór właściwych odmian bowiem nie wszystkie wykazują wysoką odporność na szkodniki czy najbardziej dokuczliwe choroby jak parch jabłoni czy mączniak. W uprawie ekologicznej ma to kluczowe znaczenie. Wśród jabłoni znajdziemy odmiany o różnej porze dojrzewania, które są niemal całkowicie odporne na choroby, np. James Grieve, Szampion, Katja, Sawa, Pinova i Boscop. Drzewka tych odmian są ogólnie dostępne w certyfikowanych szkółkach oraz w sklepach ogrodniczych. Powinny one posiadać etykiety z nazwą odmiany i podkładki, muszą być zdrowe, bez widocznych uszkodzeń ani objawów chorobowych na pędach, pniu i korzeniach. Można również sięgnąć po niezwykle cenne stare odmiany m.in. Antonówka, Titówka, Oliwka Inflancka, Grafsztynki, Renety czy Boiken. Wymienione odmiany mają podwyższoną zawartość związków fenolowych, które są uważane za naturalne pestycydy. Te naturalne pestycydy wykorzystywane są przez roślinę do ochrony przed atakiem patogenów, w tym chorób grzybowych, a także niektórych szkodników (m.in. gąsienice miernikowców). Znaczenie ma również właściwe cięcie drzew, które zapewni roślinie dobre naświetlenie koron, które poprawia wybarwienie owoców, szybkie obsychanie liści i owoców po deszczach poprawiając warunki fitosanitarne (przesuszenie koron zmniejsza ryzyko chorób grzybowych). Poza tym cięcie reguluje obfitość, regularność owocowania i wpływa na wielkość owoców.
Na regularność owocowania,
a także wielkość i dobrą jakość owoców wpływa również przerzedzanie zawiązków, zwłaszcza w roku obfitego owocowania. W uprawie konwencjonalnej w celu przerzedzania zawiązków stosuje się preparaty chemiczne. W uprawie ekologicznej wykonujemy zabieg ręcznie. Przerzedzanie polega na usunięciu nadmiaru zawiązków pozostawiając jedynie największe i rokujące najlepiej. Wykonanie tego zabiegu stymuluje drzewo do wejścia w coroczne owocowanie. Wiadomo bowiem, że wiele odmian jabłoni ma skłonność do owocowania przemiennego i nieregularnego, zwłaszcza u starych odmian jak Oliwka Inflancka, Wealthy, Boiken, gdzie w jednym roku jabłoń obsypana jest owocami a w kolejnym nie znajdziemy na niej ani jednego jabłka. Pojawia się również problem ochrony, a w uprawie eko należy zrezygnować z chemicznych środków i na co zwrócić uwagę, by uzyskać dobry jakościowo plon. Kładziemy tu nacisk na metody mechaniczne, czyli wyżej wspomniane właściwe cięcie prześwietlające, niszczenie mumii, wycinanie porażonych pędów, a jeśli porażeniu uległa większa część drzewa, to usunięciu całego drzewa, niszczenie dziko rosnących roślin żywicielskich, usuwanie pędów wraz z żerującymi na nich szkodnikami (przeziernik, zwójkówki, pryszczarki), zbieranie i niszczenie zimowych złóż jaj (znamionówka tarniówka, pierścienica nadrzewka), a także zimowych gniazd gąsienic (niestrzęp głogowiec czy kuprówka rudnica). Do metod biologicznych wykorzystujemy wrogów naturalnych lub pożyteczne gatunki drapieżne, ważna jest też duża bioróżnorodność gatunkowa. Ważne jest zakładanie budek lęgowych dla ptaków owadożernych (sikory), które zjadają znaczne ilości szkodliwych owadów. Do walki z chorobami i szkodnikami jabłoni i innych drzew owocowych możemy używać np. Miedzianu 50 WP na choroby grzybowe, który jest dopuszczony do stosowania w uprawach ekologicznych lub Promanalu 60 EC do zwalczania szkodników. Do najpopularniejszych naturalnych środków należą opryski z pokrzyw, które można wykonać samodzielnie. Wystarczy 1 kilogram świeżych pokrzyw zalać 10 litrami wody i odstawić na dobę. Dobrze sprawdzi się również oprysk z krwawnika oraz środki z dodatkiem oleju rzepakowego albo oleju parafinowego. Cieczy powinno być na tyle dużo, by aż spływała z gałęzi.
